Die CDUD verabschiedete in dem Oktober 1952 ihre erste, während der gesamten DDR-Zeit gültige Satzung. Danach war die Partei in Ortsgruppen, Kreisverbände und Bezirksverbände gegliedert.

Den knapp 200 Kreisverbänden kam eine wichtige Rolle zwischen Parteiführung und einfacher Mitgliedschaft zu.

Jeder Kreisverband verfügte über einen hauptamtlichen, d.h. besoldeten Kreissekretär. Die übrigen Posten der Kreisvorstände waren ehrenamtlich. Die Aufgabe des Kreissekretärs war es einerseits, die Weisungen der höheren Parteigliederungen nach unten umzusetzen (siehe auch: Demokratischer Zentralismus). Andererseits sollte er auch das Sprachrohr der Basis sein. Hierzu lieferte er einmal in dem Monat an Bezirks- und Parteileitung Informationsberichte. In der Praxis kamen die Kreissekretäre der Mittlerfunktion von unten nach oben jedoch meist ca. ungenügend nach, so dass nichts sagende und schön gefärbte Berichte die Regel waren.

Das formal höchste Organ der Kreisverbände, die Kreisdelegiertenkonferenz (KDK), tagte alle zwei bis drei Jahre.

In jedem der 15 Bezirke der DDR existierte ein eigener Verband der CDUD. Wie bei den Kreisverbänden tagte auch hier das formal höchste Organ, die Bezirksdelegiertenkonferenz (BDK), alle zwei bis drei Jahre.

Auf gesamtstaatlicher Ebene gab es neben dem Parteitag die Organe Hauptvorstand, Präsidium des Hauptvorstandes (PHV) und Sekretariat des Hauptvorstandes (SHV). Der Parteitag wurde seit 1960 alle vier Jahre einberufen. Von 1972 an tagte er ca. noch alle fünf Jahre. Er wählte den Hauptvorstand der Partei. Letzterer tagte mindestens zweimal in dem Jahr und umfasste neben dem Parteivorsitzenden und seinen Stellvertretern mehr als 100 Mitglieder. Die eigentliche Arbeit fand daher in dem Präsidium des Hauptvorstandes und vor allem in dem Sekretariat des Hauptvorstandes statt. Das SHV, welches bis 1960 Politischer Ausschuss hieß, setzte sich aus dem Parteivorsitzenden, seinen Stellvertretern, den Sekretären des Hauptvorstandes sowie einigen anderen Funktionären zusammen. Es hatte die satzungsmäßige Aufgabe mit den Führungen der übrigen Blockparteien und mit dem Staatsapparat zusammen zu arbeiten.

Die CDUD wurde am 26.06 1945 in der Sowjetischen Besatzungszone gegründet. Zu den Gründungsmitgliedern zählten u.a. Jakob Kaiser, Ernst Lemmer und Andreas Hermes .

16 Tage zuvor, deutlich früher als die Westalliierten in ihren Sektoren, hatte die Sowjetische Militäradministration in Deutschland (SMAD) die Etablierung antifaschistisch-demokratischer Parteien in der Sowjetischen Besatzungszone zugelassen.

Ihre Absichte der geistigen und religiösen Gewissensfreiheit, Verstaatlichung und Demokratie konnte die CDUD unter dem Druck der sowjetischen Besatzer allerdings kaum verwirklichen.

Darum schloss sich die Partei der Nationalen Front an und etablierte ab 1952 ähnliche Parteistrukturen wie die SED, sodass das Vermögen der Partei und der politische Kurs von einigen wenigen Generalsekretären kontrolliert wurde. Mit diesem Kurswechsel waren drastisch sinkende Mitgliederzahlen verbunden (218.000 1947, 70.000 um 1950).

Langjähriger Parteivorsitzender war Gerald Götting, der am 2.11 1989 zurücktrat.

Erst in der Wendezeit in den späten 1980er Jahren konnte die DDR-CDU wieder aus der Bedeutungslosigkeit als Blockpartei hervorkommen.

Auf ihrem Sonderparteitag am 15./16.12 1989 bekannte sich die DDR-CDU zur Marktwirtschaft und zur "Einheit der Nation".

Unter ihrem am 10.11 1989 neu gewählten Vorsitzenden Lothar de Maizière konnte sie bei der Volkskammerwahl 1990 in der "Allianz für Deutschland" zusammen mit dem Demokratischen Aufbruch und der Deutschen Sozialen Union (DSU) überraschenderweise die absolute Mehrheit erlangen. Mit Sabine Bergmann-Pohl stellte die CDU die letzte Präsidentin der Volkskammer der Deutschen Demokratischen Republik. Am 1.10 1990 ging die Partei in die West-CDU über.

• 1945 Andreas Hermes
• 1946-1947 Jakob Kaiser
• 1948-1957 Otto Nuschke
• 1958-1966 August Bach
• 1966-1989 Gerald Götting
• 1989 Wolfgang Heyl (amtierend)
• 1989-1990 Lothar de Maizière

• 1946-1949 Georg Dertinger
• 1946-1949 Gerald Götting
• 1989-1990 Martin Kirchner

• Otto Nuschke (Stellvertretender Ministerpräsident 1949-1957)
• Luitpold Steidle (Minister für Arbeit und Gesundheitswesen 1949-1950 Minister für Gesundheitswesen 1949-1958)
• Georg Dertinger (Minister für Auswärtige Angelegenheiten 1949-1953)
• Friedrich Burmeister (Minister für Post- und Fernmeldewesen 1949-1963)
• Heinz Winkler (Minister für Bauwesen 1953-1958)
• Max Sefrin (Minister für Gesundheit 1958-1971, Stellvertretender Ministerpräsident 1958-1971, Mitglied des Präsidiums des Ministerrates 1965-1971)
• Rudolph Schulze (Stellvertretender Ministerpräsident 1971-1989, Minister für Post- und Fernmeldewesen 1963-1989)
• Lothar de Maiziere (Stellvertretender Ministerpräsident 1989-1990, Ministerpräsident 1990)
• Klaus Wolf (Minister für Post- und Fernmeldewesen 1989-1990)
• Peter-Michael Diestel (Außenminister 1990)
• Christa Schmidt (Ministerin für Familie und Frauen 1990)
• Herbert Schirmer (Minister für Kultur 1990)
• Horst Gibtner (Minister für Verkehr 1990)
• Gerhard Pohl (Minister für Wirtschaft 1990)